C4Dでインポートした時、シーンファイル全体がひとつのオブジェクトになっている場合でもマテリアルが別れていれば、一旦OBJに書き出して再読み込みすることで、オブジェクトがマテリアルを基準に分けてインポートできる。

LWO→C4D→OBJ(RipTide Pro)→C4D:

C4D純正のOBJインポート機能では、マテリアル毎の書き出し・読み込みはできないので、RipTide ProというOBJ入出力プラグインを使う。